After several days work, I finally figured out the problem that the TranslateSBML function fail to work and you got a Segmentation violation.
The original aim for me is to install COBRAToolbox-1.1 in Linux and Matlab 2006b.
SBMLToolbox 2.0.2
libsbml 2.3.4
fedora core 6
gcc-4.1.1-51.fc6
matlab 7.3 (2006b)
1. Install libsbml-2.3.4 following the instructon in the package
2. Build the TranslateSBML.mexglx using the following arguments in the Makefile
Do not forget to change the matlab root directory.
MEX = /usr/local/Matlab74/bin/mex
XCFLAGS = $(CFLAGS) -g
XLDFLAGS = $(LDFLAGS) -L/usr/local/lib
XCPPFLAGS = $(CPPFLAGS) -I/usr/local/include -I/usr/local/include/sbml/
LIBS = -lsbml
3. sudo cp /usr/local/lib/libsbml.so /usr/local/Matlab74/bin/glnx86/
This is required by the matlab. But the glpkcc.mexglx worked without this operation. I don't know what happend.
Anyway, the TranslateSBML function should work now. Though I spent much time on the source code, it ends up only copying a file. :)
Monday, April 16, 2007
Thursday, March 29, 2007
VPN connection in IUPUI
http://pptpclient.sourceforge.net/howto-fedora-core-6.phtml
First , install pptconfig as following,
# rpm -Uvh http://pptpclient.sourceforge.net/yum/stable/fc6/pptp-release-current.noarch.rpm
# yum --enablerepo=pptp-stable install pptpconfig
Yum will help you to install other programs.
1.
sudo route add -host 134.68.107.67 gw 10.235.96.100
2.
sudo pptconfig
name: any
server: pptp.iupui.edu
domain: ads
username: any
passwd: some
then add start
in log window 'connected' should be shown.
Finally,
3.
sudo route add default ppp0
It should be OK now!
First , install pptconfig as following,
# rpm -Uvh http://pptpclient.sourceforge.net/yum/stable/fc6/pptp-release-current.noarch.rpm
# yum --enablerepo=pptp-stable install pptpconfig
Yum will help you to install other programs.
1.
sudo route add -host 134.68.107.67 gw 10.235.96.100
2.
sudo pptconfig
name: any
server: pptp.iupui.edu
domain: ads
username: any
passwd: some
then add start
in log window 'connected' should be shown.
Finally,
3.
sudo route add default ppp0
It should be OK now!
Sunday, February 25, 2007
写点心得
其他的我的笔记 http://ctb.pku.edu.cn:40005
程序方面的，关于perl
以前学习C的时候，提到过解释性的语言（?），脚本就是解释性的吧，所以一直很不屑
原来为了处理字符方便，用C＋＋，不过后来师弟们写的程序还是C，所以一直头疼字符（文本）处理
赴美之后，正儿八经的用perl，因为简历上吹嘘会用，现在每天几乎都是在写perl程序中度过的，以前因为字符处理的不方便造成了很多时间的耽误
今天终于学会用perl画图了，竟然还是非常的漂亮，比R和matlab都要方便很多（脚本画图方面，一次处理几十幅甚至几百幅图的情况）
perl对我最大的用处
就是数组和映射，正则表达式；如果你要处理文本，从中需要挑出一些符合条件的字符串，只需要写出合理的正则表达式，这些表达式在各种脚本语言和vim中都是通用的
如果是不停的做重复工作，可以把模板写到右键菜单里，点一下就新建新的程序就有个框架了
最后，推荐大家用linux，觉得特别亲切，原因是所有的源代码都是C写的；感觉当年学习C的时候要知道这些那个小论文根本不在话下，而且可以为开源社区做出很多贡献（每人一个程序）。linux下的C程序很简单的就和系统融为一体了（因为是命令行的）
最近还发现了很多贴心的功能，比如自动连接网络（甚至是无线,以前这个服务被我关了，让我痛苦了很长时间）。
另外就是推荐vim了，用ctags，按两个键就自动跳到函数定义的地方去了，利用这种机制甚至可以浏览非C文件，只要你自己生成了ctags文件；比如我浏览代谢反应时，只要按两个键ctrl+]就可以跳到代谢物的名字文件去了，ctrl+T就可以跳回来，根本感觉不到是在不同的文件中，它们实际甚至在不同的目录中
如果你稍微了解一下一些程序的机制，你就会发现它们的拓展用处，比如，我的文件夹下的一些图是依赖与当前文件夹的数据文件的，当数据文件改变时，需要重新执行画图脚本，可是文件很多，你可能记不清是不是运行过了；这其实可以用make程序来作，平时make是用来执行编译程序的命令的，这对于那些熟悉make和ctags的人不是大发现，但是我自己有所需求，然后思考解决后，就觉得有无比成就感，坚持了效率至上（不写代码的原则）
然后是窗口管理器，虽然有些小功能慢于win，但是现在是越来越好了，而且是好的越来越快，一个例子就是gaim来了消息，tab处不停的闪光；虽然是小事，但是都是紧要的事，因为错过了女朋友的消息不是什么好玩的事；
桌面环境：genome,fvwm,kde,enlightenment,xgl-compiz,xvfc;这些是我用过的，换个桌面环境就是换个程序而已，多有诱惑力；好多感受是不好形容的，第一次用e16感觉是科幻小说，到了e17反而去掉了那个眩的效果；3d的就更不用说了，之是我的高级ati卡没她妈的驱动，真是浪费了
上面的看起来是没有多少内涵，深层次点的；搞个加密系统弄到u盘上只是几个小时的活，你能干的事情就是到win下面去杀毒，手工杀毒；这个系统很安全，没有密码高手也没多少办法
最后，不能忘记被迫用linux的原因，因为当时我的显示器是1280x1024的，浏览网页时ie字太小，而linux下字体可以无限放大；另外一个小原因就是当时被一个德国老头b4了
哥们们试试linux吧，你可以用两个显示器，奇数窗口显示在a上，偶数窗口显示在b上；拍下显示器就切换桌面等激动人心的事到处都是
程序方面的，关于perl
以前学习C的时候，提到过解释性的语言（?），脚本就是解释性的吧，所以一直很不屑
原来为了处理字符方便，用C＋＋，不过后来师弟们写的程序还是C，所以一直头疼字符（文本）处理
赴美之后，正儿八经的用perl，因为简历上吹嘘会用，现在每天几乎都是在写perl程序中度过的，以前因为字符处理的不方便造成了很多时间的耽误
今天终于学会用perl画图了，竟然还是非常的漂亮，比R和matlab都要方便很多（脚本画图方面，一次处理几十幅甚至几百幅图的情况）
perl对我最大的用处
就是数组和映射，正则表达式；如果你要处理文本，从中需要挑出一些符合条件的字符串，只需要写出合理的正则表达式，这些表达式在各种脚本语言和vim中都是通用的
如果是不停的做重复工作，可以把模板写到右键菜单里，点一下就新建新的程序就有个框架了
最后，推荐大家用linux，觉得特别亲切，原因是所有的源代码都是C写的；感觉当年学习C的时候要知道这些那个小论文根本不在话下，而且可以为开源社区做出很多贡献（每人一个程序）。linux下的C程序很简单的就和系统融为一体了（因为是命令行的）
最近还发现了很多贴心的功能，比如自动连接网络（甚至是无线,以前这个服务被我关了，让我痛苦了很长时间）。
另外就是推荐vim了，用ctags，按两个键就自动跳到函数定义的地方去了，利用这种机制甚至可以浏览非C文件，只要你自己生成了ctags文件；比如我浏览代谢反应时，只要按两个键ctrl+]就可以跳到代谢物的名字文件去了，ctrl+T就可以跳回来，根本感觉不到是在不同的文件中，它们实际甚至在不同的目录中
如果你稍微了解一下一些程序的机制，你就会发现它们的拓展用处，比如，我的文件夹下的一些图是依赖与当前文件夹的数据文件的，当数据文件改变时，需要重新执行画图脚本，可是文件很多，你可能记不清是不是运行过了；这其实可以用make程序来作，平时make是用来执行编译程序的命令的，这对于那些熟悉make和ctags的人不是大发现，但是我自己有所需求，然后思考解决后，就觉得有无比成就感，坚持了效率至上（不写代码的原则）
然后是窗口管理器，虽然有些小功能慢于win，但是现在是越来越好了，而且是好的越来越快，一个例子就是gaim来了消息，tab处不停的闪光；虽然是小事，但是都是紧要的事，因为错过了女朋友的消息不是什么好玩的事；
桌面环境：genome,fvwm,kde,enlightenment,xgl-compiz,xvfc;这些是我用过的，换个桌面环境就是换个程序而已，多有诱惑力；好多感受是不好形容的，第一次用e16感觉是科幻小说，到了e17反而去掉了那个眩的效果；3d的就更不用说了，之是我的高级ati卡没她妈的驱动，真是浪费了
上面的看起来是没有多少内涵，深层次点的；搞个加密系统弄到u盘上只是几个小时的活，你能干的事情就是到win下面去杀毒，手工杀毒；这个系统很安全，没有密码高手也没多少办法
最后，不能忘记被迫用linux的原因，因为当时我的显示器是1280x1024的，浏览网页时ie字太小，而linux下字体可以无限放大；另外一个小原因就是当时被一个德国老头b4了
哥们们试试linux吧，你可以用两个显示器，奇数窗口显示在a上，偶数窗口显示在b上；拍下显示器就切换桌面等激动人心的事到处都是
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